המדען הראשי במשרד התמ"ת אבי חסון שהוא היועץ לממשלה בנושא התעשייה עתירת הידע והחדשנות בישראל, לרבות ביצוע מעקב אחר התהליכים המרכזיים בתעשייה זו, וניתוח משמעותם, התריע שוב בפני משרד האוצר על מחסור חמור בתקציב המו"פ בישראל ודרש תוספת תקציבית מיידית כבר בשנה הנוכחית במטרה להביא לדיון למעלה מ-500 בקשות מו"פ בהיקף השקעה מבוקש של כ--1.7 מיליארד ₪. על פי נתוני לשכת המדען הראשי המבוססים על ביקושי התעשייה למו"פ, היקף המחסור בתקציבי המו"פ הכולל מגיע לכ-450 מיליוני ₪ כאשר מסך זה למעלה מ-370 מיליון ₪ חסרים בקרן המו"פ ולמעלה מ-40 מיליוני ₪ חסרים בתוכנית החממות. לדברי חסון, על אף שאין מחלוקת בממשלה על חשיבות ההשקעה במחקר ובפיתוח ועל אף שמחקרים רבים מוכיחים כי כל שקל שמושקע במו"פ דרך מענקי המדען הראשי תורם למשק תרומה ישירה של בין פי 5 לפי 10, בעשור האחרון מדינת ישראל מייבשת את אחד מנכסיה הכלכליים היחידים והחשובים ביותר. "שיעור ההשקעה הממשלתית במו"פ עסקי בישראל נמצא במגמת ירידה מתמשכת ועומד בשנת 2011 ע"ס של מילארד וארבע מאות מליון ₪ לעומת כ-2 מיליארד ושלוש מאות מליון ₪ בשנת 2000 (במחירי 2011), מדובר בנתונים קשים שאת משמעותם ההרסנית נרגיש בעוד עשור כשכבר יהיה מאוחר מידי". בעוד שבעבר התגאתה ישראל בהיותה מובילה עולמית בשיעור ההשקעה הממשלתית במו"פ עסקי, עובדה שעל בסיסה צמחו בישראל תעשיות עתירות ידע, הרי שכיום שיעור ההשקעה של ישראל נמוך גם בהשוואה למדינות מפותחות כדוגמת ספרד, ארה"ב, קוריאה, שוודיה, גרמניה, איטליה, אנגליה. בשנת 2009 עמד שיעור המימון הממשלתי למו"פ עסקי בישראל על 4.7% לעומת שיעור ממוצע של 6.5% במדינות ה- OECD, ושיעורים גבוהים יותר במדינות מובילות כמו ארה"ב (8.9%), אנגליה (7.9%) וקוריאה (5.9%) צמצום ההשקעות של המדינה מותירה חלל שהמגזר הפרטי אינו יכול למלא, הן בשל "שנאתו" להשקעות בסיכון גבוה והן בשל המשבר הכלכלי. כתוצאה מאילוצי תקציב, כבר במהלך ספטמבר האחרון שיגר המדען הראשי מכתב ל-430 חברות שהגישו בקשות לקבלת מענק לתמיכה במחקר ופיתוח ואשר בקשותיהן טרם נדונו בוועדת המחקר, בהודעה נמסר כי: "בשל הצמצום שחל השנה בתקציבי התמיכה במחקר ופיתוח העומדים לרשות המדען הראשי, וועדת המחקר איננה יכולה לדון בשלב זה בבקשות לתמיכה במחקר ופיתוח אשר הוגשו ללשכת המדען הראשי". נכון להיום על שולחן המדען הראשי קיימות כ- 430 בקשות לתמיכה בהיקף של 1.3 מיליארד ₪ תקציב מבוקש ע"י התעשייה ואשר לא ניתן לדון בהן בשל המחסור בתקציב. בלשכה צופים כי עד סוף השנה צפוי כי יוגשו עוד כ- 100 בקשות לפחות בתקציב מבוקש של כ- 400 מיליון ₪. מנתוני ההחלטות לאישור תוכניות מו"פ לשנת 2011 ניתן לראות כי מרבית התעשייה הנתמכת כיום בלשכת המדען הראשי הינה תעשייה קטנה ובינונית ורק ככ-15% מהמענקים אושרו לחברות גדולות. בנוסף חל גידול משמעותי בנתח המענקים שאושרו באזורי עדיפות לאומית וחלקן מגיע ל27.8% מתוך התקציב הכולל של קרן המו"פ וזאת ביחס 4.3% בשנת 2000, 8.2% בשנת 2003, 14.6% בשנת 2006. בלשכת המדען הראשי מסבירים כי הגידול נובע פעילות הולכת וגדלה של החברות הגדולות בפריפריה וכן כניסתן של חברות מתחום התעשייה המסורתית יותר להשקעה במו"פ. לשכת המדען הראשי פועלת במגוון ערוצים לקידום תעשייה ישראלית מבוססת ידע ותחרותית בשווקים הגלובליים. בכלל זה מפעילה כלים מגוונים לקידום שיתופי פעולה בין האקדמיה והתעשייה, עידוד שיתופי פעולה טכנולוגיים עם חברות בינ"ל מובילות בשווקי יעד ותמיכה במיזמים טכנולוגיים מצטיינים בעלי פוטנציאל להגדלת היצוא והתעסוקה במשק הישראלי.